Le 7 mai 1997, des éléments de l’AFDL/APR ont tué plus de 300 civils dans les villages de la localité de Chanzerwa du groupement de Binja. À leur arrivée dans les villages, les militaires ont fait irruption dans des maisons et ont tué un nombre indéterminé de civils à coups de petite hache. Ils ont ensuite emmené un nombre indéterminé de civils capturés jusqu’au village de Buhimba.
Après les avoir ligotés et enfermés dans le bâtiment et la cour de l’église de la 8e CEPAC [Communauté des églises pentecôtistes en Afrique centrale], ils les ont tués à coups de houe sur la tête. Ceux qui ont tenté de s’enfuir ont été tués par balle. Les cadavres ont ensuite été jetés dans les latrines non loin de l’église. Les troupes de l’AFDL/APR ont tué sans discrimination hommes, femmes et enfants.
La majorité des victimes étaient des Banyarwanda hutu mais de nombreux Nande ont également été massacrés à Buhimba. Selon plusieurs rescapés, les militaires de l’AFDL/APR auraient tué plusieurs enfants en frappant leur tête contre des murs ou des troncs d’arbre. Au total, 334 victimes ont pu être recensées.
Après avoir pris le contrôle du camp militaire de Rumangabo, entre Goma et Rutshuru, à proximité de la frontière avec le Rwanda, les troupes de l’AFDL/APR ont lancé le 29 octobre 1996 une attaque sur Goma. Malgré la prise de Goma par les forces de l’AFDL/APR, les ex-FAR/Interahamwe du camp de Mugunga sont restés actifs dans les environs de la ville. Le 3 novembre 1996, ils ont pillé des véhicules ainsi que des biens du Grand séminaire de Buhimba, dans la périphérie de Goma.
Les infiltrations de militaires de l’AFDL/APR dans la collectivité Bwisha ont commencé en octobre 1996. Vers la mi-octobre, des unités de l’AFDL/APR ont attaqué une première fois le camp militaire des FAZ à Rumangabo. Avec l’aide d’éléments des ex-FAR/Interahamwe venus des camps de réfugiés de Katale et Mugunga, les FAZ ont repoussé l’attaque. Au cours des jours suivants, d’autres militaires de l’AFDL/APR se sont infiltrés dans la partie sud du territoire de Rutshuru via le parc national des Virunga et au niveau du camp de Kibumba.
Selon le rapport Mapping, ces nouveaux infiltrés ont réussi à couper la route reliant les camps de réfugiés de Katale et Mugunga au camp militaire des FAZ en vue du lancement d’une seconde attaque sur Rumangabo. Dès le début des infiltrations, les troupes de l’AFDL/APR auraient commis des massacres contre les populations civiles des groupements de Bweza et Rugari. Les victimes étaient principalement des Banyarwanda hutu.
Les militaires de l’AFDL/APR ont pratiquement toujours procédé selon le même schéma. À leur entrée dans une localité, ils ordonnaient à la population de se rassembler pour les motifs les plus divers. Une fois regroupés, les civils étaient ligotés et exécutés à coups de marteau ou de houe sur la tête. De nombreux témoins ont déclaré avoir reconnu parmi les militaires de l’AFDL/APR de nombreux jeunes Banyarwanda tutsi qui avaient quitté le territoire de Rutshuru entre 1990 et 1996. Selon plusieurs témoins, les militaires de l’AFDL/APR auraient massacré les Banyarwanda hutu avec une volonté évidente de se venger, ciblant les villages où les Tutsi avaient dans le passé été persécutés.
Le 26 octobre 1996, les militaires de l’AFDL/APR ont pris Rutshuru, chef-lieu du territoire du même nom. À l’entrée des troupes de l’AFDL/APR à Rutshuru, la population des villages environnants s’est enfuie dans les collines du groupement de Busanza. Au cours des semaines qui ont suivi, les militaires de l’AFDL/APR ont commis de nombreux massacres dans les villages des groupements de Busanza, Kisigari et Jomba, au sud et à l’est de Rutshuru. Les victimes étaient principalement des civils banyarwanda hutu.
À compter de la fin de 1996, les militaires de l’AFDL/APR ont procédé à des recrutements massifs au sein de la population congolaise. La majorité de ces nouvelles recrues étaient des enfants (EAFGA), communément appelés les « Kadogo », ce qui signifie « les petits » en swahili.
Collectivité de Bwito (Territoire de Rutshuru)
Après le démantèlement des camps de réfugiés de Katale et Kahindo, de nombreux réfugiés hutu rwandais ont erré dans la collectivité de Bwito jusqu’en mars 1997. Ils se sont souvent mêlés à la population locale composée en majorité de Banyarwanda hutu. Après l’arrivée au pouvoir à Kinshasa du Président Laurent-Désiré Kabila, l’alliance entre l’AFDL/APR et les Mayi-Mayi hunde a rapidement volé en éclats. Accusant le nouveau pouvoir de chercher à les marginaliser au sein de la nouvelle armée et refusant que les militaires de l’APR ne s’installent durablement dans les deux provinces des Kivu, plusieurs groupes Mayi-Mayi ont repris la lutte armée. Le 22 juillet 1997, de violents combats ont éclaté dans le village de Katale, à 12 kilomètres de Masisi où l’AFDL/APR avait un camp militaire. Le 29 juillet, les militaires des FAC/APR ont reçu des renforts en provenance de Goma et lancé une opération de ratissage dans les environs de Masisi. Au cours de cette opération, ils ont commis de nombreuses exactions à l’encontre de la population civile, en majorité Hunde qu’ils accusaient de soutenir les Mayi-Mayi.
Territoire de Nyiragongo (Petit-Nord)
Le territoire de Nyiragongo est le plus petit des territoires de la province du Nord-Kivu et est situé entre la ville de Goma et le volcan Nyiragongo. Un camp de réfugiés se trouvait dans ce territoire, sur la route entre Goma et Rutshuru. À compter de la mi-octobre 1996, des militaires de l’AFDL/APR se sont installés dans la petite bande de terrain du parc national des Virunga située entre le village de Rugari, en territoire de Rutshuru, et celui de Kibumba, en territoire de Nyiragongo.
Territoires de Beni et Lubero (Grand-Nord)
En 1997 et 1998, les militaires de l’AFDL/APR, qui ont pris à partir de juin 1997 le nom de Forces Armées Congolaises (FAC) et ceux de l’APR ont commis des massacres dans les territoires de Lubero et Beni. Comme la population locale est composée à 95% de Nande et que peu de réfugiés ont tenté de fuir en passant par ces deux territoires, ces massacres ont répondu à une logique différente de celle observée dans les territoires de Masisi et Rutshuru. Les principaux massacres ont eu lieu en 1997 après la rupture de l’alliance entre les militaires de l’AFDL/APR et les nombreux groupes Mayi-Mayi locaux. Dénonçant l’ingérence constante du Rwanda dans la région et les méthodes brutales utilisées par les militaires de l’AFDL/APR à l’égard des réfugiés comme des populations locales, de nombreux groupes Mayi-Mayi ont pris leur distance puis sont entrés en conflit avec eux. En réaction, les militaires de l’AFDL/APR ont mené plusieurs attaques contre les populations soupçonnées de collaborer avec les groupes Mayi-Mayi.
